Linux, 386 ve üstü işlemcilerde korumalı kipte çalışır. Çalışan programlar arasında bir koruma vardır. Bu koruma yardımıyla bir program özel şartlar olmadıkça diğer programların çalışmasını engelleyemez. Çok kullanıcılı bir sistem için bu çok önemlidir. Benzer şekilde herhangi bir kullanıcı istediği gibi bir program yazıp sistemin kapanmasını veya çalışamaz hale gelmesine neden olamaz. Kullanıcıların dosya ve dizinleri basit bir koruma mekanizması kullanılarak diğer kullanıcıların görmesini engelleyecek şekilde saklanabilir. Linux, geniş güvenlik mekanizması içerir.
