Linux’un çekirdeği bir bakıma sistemin beyni sayılabilir. Aslında çekirdeğin adı Linux’tur. Bütün versiyonları aynı çekirdeği kullanır. Değişenler dosya ve dizin yapısı, dağıtıma giren belgeler, paketler, dağıtımın hedeflediği kullanıcılardır.
Çekirdek, sistemin düzgün çalışmasından, bilgisayar kaynaklarının düzenlenmesinden, kullanıcıların görevlerinin sırasıyla yapılmasından, bellek denetiminden, yan birimlerin (CD-ROM, Ekran Kartı,SabitDisk vb.) çalışmasından ve benzeri işlemlerden sorumludur. Programlar, çekirdek içindeki “system call”lar (sistem çağrıları) yardımıyla birbiriyle haberleşirler. Çekirdeği oluşturan sistem çağrılarından kullanıcılarda yararlanabilir.Linux’ta sistemin temel yönetimi çekirdek tarafından yapılır.
